華西醫院胸外科創立于1954年，是國內最早建立的胸心血管外科專業之一。1978年獲首批臨床醫學碩士學位授權，1993年獲臨床學博士學位授權。1994年創辦《中國胸心血管外科臨床雜志》，1997年創辦《中國肺癌雜志》。2006年成為衛生部胸外科專科醫師培訓基地；2007年，被評為“國家重點學科”；2011年獲評衛生部全國臨床重點專科；2011-2016年連續六年在全國醫院專科聲譽復旦排行榜第4名（綜合醫院排名第一），2017年醫院科技影響力全國排名第三名。
華西醫院胸外科不但有著輝煌的歷史，且始終具有自己的特色。上世紀80年代，在國內率先開展局部晚期肺癌的外科治療（上腔靜脈置換術、左心房部分切除術、體外循環下肺動脈主干/主動脈部分切除術），居國內領先水平并達到國際先進水平；創立了食管癌的食管分層吻合技術，極大降低了吻合口瘺發生率，達到國際領先水平；胸內食管胃半機械吻合術也具國際先進水平。尤其是近十幾年來，我科創立的單向式胸腔鏡肺葉切除術、胸腔鏡下吸引側壓止血法、胸腔鏡無抓持整塊淋巴結清掃術為代表的全胸腔鏡技術極大的促進了復雜性胸腔鏡手術在國內的推廣和普及。目前胸外科微創胸腔鏡肺、食管癌手術和縱隔手術的比例已超過60%，個別醫療組已達90%以上。科室還在國內率先開展非體外循環下雙肺序貫移植手術，并取得成功。
胸外科現有高級專業技術職稱者14人，具有博士學位的臨床醫師達78％，博士生導師5人，碩士生導師8人。多人在國內行業協會擔任主要工作。一人獲國務院特殊津貼，3人被評為四川省學術和技術帶頭人，3人被評為四川省衛生廳學術和技術帶頭人。胸外科現有核定普通床位數148張，ICU 床位4張。現設9個醫療組,每年門診量46000余人次，年手術近3400例。
